Được biết đến trong các ngôn ngữ ngày nay của khu vực như là វ្នំ Vnom (Khmer) hay នគរភ្ Nokor Phnom (Khmer), ฟูนาน (tiếng Thái), tiếng Trung: 扶南; bính âm: Fúnán, tên gọi Phù Nam không được tìm thấy trong bất kỳ văn bản nào có nguồn gốc tại khu vực này trong thời kỳ đó, và người ta cũng không rõ người Phù Nam dùng tên gọi gì để nói tới chính thể của mình. Tên gọi Phù Nam trong tiếng Việt có lẽ là phiên dịch từ tên gọi tiếng Trung, do tên gọi 扶南 xuất hiện trong các thư tịch Trung Hoa khi mô tả về vương quốc này, và phần lớn các mô tả đó chủ yếu dựa trên báo cáo của hai sứ giả Trung Hoa là Khang Thái (康泰) và Chu Ứng (朱應) đã từng sống tại đây trong khoảng giữa thế kỷ 3 cho vua Đông Ngô ở Nam Kinh.

Chung quanh tên gọi Phù Nam hiện vẫn còn nhiều tranh cãi. Ý kiến được nhiều người tán đồng, đó là Phù Nam do chữ Fou Nan mà ra (gọi theo cách phát phát âm của người Trung Hoa). Từ ngữ này xuất phát từ ngôn ngữ Môn-Khmer cổ: bnam hay vnam, mà ngày nay được đọc là phnom, có nghĩa là núi hoặc đồi.[1] Tuy nhiên, nhà nghiên cứu văn khắc Claude Jacques chỉ ra rằng diễn giải này dựa trên sự phiên âm sai từ tiếng Phạn parvatabùpála trong các văn khắc cổ như là tương đương với từ Khmer bnaṃ và đồng nhất hóa sai lệch vua Bhavavarman I đề cập trong các văn khắc này như là người chinh phục Phù Nam.[2] Jacques cũng đề xuất loại bỏ việc sử dụng tên gọi Funan trong các ngôn ngữ phương Tây và thay vì thế sử dụng các tên gọi như Bhavapura, Aninditapura, Shresthapura hay Vyadhapura, được biết đến từ các văn khắc đã từng được sử dụng vào thời gian đó để chỉ các đô thị trong khu vực và cung cấp ý tưởng chính xác hơn về địa lý của các khu vực Khmer cổ so với các tên gọi như Funan hay Zhenla (Chân Lạp), những tên gọi không được biết đến trong tiếng Khmer cổ.[3]

Theo tác giả Lương Ninh thì một danh từ chung chỉ núi non không thể là nguồn gốc của tên đất nước, mà phải là cái khác, quý báu hơn: tên tộc người bản địa: Bnam.[4]. Theo đó các vua Phù Nam là những người thuộc dòng Vua Núi - Kurung bnam[5].

Kinh đô của Phù Nam, theo sách Lương thư và Tân Đường thư là thành Đặc Mục (特牧). Học giả G.Coedes cho đó là phiên âm của từ trong tiếng Phạn là Vyadhapura (pura:thành phố/kinh đô, Vyadha:người đi săn), và thành này ở gần ngọn núi Ba Phnom ở làng Banam, thuộc tỉnh Prey Veng (Campuchia) ngày nay[1][6]. Ngược lại, một số tác giả như Paul Pelliot (1903)[7], P. Dupont (1955), L. Malleret (1962) không tán thành thuyết đó, họ cho rằng kinh đô của Phù Nam có thể là Angkor Borei do nhiều hiện vật khảo cổ có niên đại và phong cách Phù Nam tìm thấy ở đây.[8]